1、报销标准不同，社保的报销比例较高，报销比例一般为70~80%；新农合的报销比例相对较低,一般为50~70%。

2、在农村乡镇医院看病，新农合报销比例高于社保，在市级医院治疗，社保报销比例高于新农合。

3、新农合去外地三甲医院看病，能不能报销呢？是可以报销的，但需要当地办理转诊手续，报销比例会比社保低一些。