1、适时采收：双孢菇采收的最佳时期是菌伞将开但菌膜未破时；平菇在菇体颜色由深变浅、菌盖边缘尚未完全展开、孢子未弹时采收最好。采收后在凉棚中将菇分好等级，把不适宜贮藏的开伞菇、病菇和有虫菇选出。

2、低温贮藏：双孢菇采后经挑选分级，用清水冲洗干净，为防止菇色发黄或变褐，可放入0.01%焦亚硫酸钠水溶液中漂洗3～5分钟。迅速用冷水对菇体进行预冷处理，尽快降至0～3℃。沥干水分，装于通气的塑料框中，放入温度0～3℃、相对湿度90%～95%的冷库中贮藏，注意通风换气。此法可保鲜8～10天。

3、薄膜袋气调贮藏：双孢菇经漂洗分级后，沥干水分，冷却后每1千克分装于0.025毫米的塑料袋内，可自动调整袋内气体组分，使氧气含量为1%左右，二氧化碳含量为2%～5%，此时，菇体生长受到抑制，开伞少，菇色洁白。此法室温下可保鲜7天。如时间过长，袋内二氧化碳含量过高，会影响菇的风味，可在塑料袋上扎6～8个针眼大的孔，以促进气体交换。

4、辐射贮藏：双孢菇装于多孔聚乙烯塑料袋内，用γ-射线照射，使用剂量为2000～3000戈。经照射的蘑菇水分蒸发少，失重率低，明显抑制了蘑菇的褐变和破膜、开伞。照射后的蘑菇放于16～18℃，相对湿度85%的条件下可贮藏4～5天，低温条件下贮藏时间更长。

5、固体保鲜剂贮藏：将鲜菇放在涂膜剂（如甘油或明胶）中浸3～5分钟，捞起沥干后装入聚乙烯塑料袋内，每袋装菇0.5千克；用1克连二亚硫酸钠（脱氧剂）和少量活性炭混合用纸袋包封后一同装入塑料袋，扎紧袋口，置于16～18℃条件下可贮藏6～7天。