南京农业大学的研究生教育具有悠久的历史，为我国的农业教育、科技、管理和生产做出了重要贡献。学校前身私立金陵大学农学院和国立中央大学农学院于1936-1945年共招收和培养了65名研究生，占当时全国农科的50%。新中国成立后，南京农学院于1949-1966年，累计招收和培养了64名研究生。两期培养的研究生成为我国农科重要的学科带头人和骨干。1981年我国实施学位制度后，南京农业大学成为我国首批有权授予博士、硕士学位的单位之一，同时有权授予同等学力博士和硕士学位，开展专业学位研究生教育，面向在职人员举行硕士研究生入学单独考试，接受和推荐优秀应届大学本科毕业生免试攻读硕士学位，面向港澳台招收研究生，自费招收国外留学生，开展“硕-博连读”和“学-硕连读”试点，自行审定博士生指导教师和自行审批硕士点。1999年，被国家教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”。2000年6月经教育部批准建立研究生院。

科学研究

有13个国家重点学科，23个省（部）级重点学科。建有“作物遗传与种质创新”国家重点实验室和国家大豆改良中心，34个省级所（中心、实验室），以及百余个校级研究所、研究室和工程技术研究中心。“十五”以来，国家自然科学基金、科技部、教育部、农业部等各级、各类项目立项1581项，获立项经费5.28亿元，纵向到位科研经费以每年20%的速度递增，年获国家自然科学基金项目经费超过1500万元，在全国高校中位居前列。获国家、部省级科技成果奖64项，其中国家级奖5项。

李显春博士的一篇论文2002年10月在《Nature》上发表，是我国农业高校在《Nature》上发表的第二篇论文。我校有6篇博士学位论文被评为全国百篇优秀博士论文。《南京农业大学学报》2005年度影响因子上升至0.596，2005年、2006年连续获得第四、第五届“百种中国杰出学术期刊奖”，2006年度获“首届中国高校精品科技期刊奖”，2004年度获全国高校优秀期刊评比一等奖、第二届江苏期刊方阵“双十佳”期刊奖；2003年度获“第二届国家期刊奖重点期刊奖”、“百种中国杰出学术期刊”。学校充分发挥自身学科及人才优势，主动为社会发展服务、为“三农”服务，创造了巨大的经济效益和社会效益，多次被评为国家和江苏省科教兴农、科技扶贫工作先进单位。

此外，还设有11个博士后流动站；9个"长江学者"特聘教授岗位（植物遗传育种学、作物栽培与耕作学、植物病理学、农作物病虫监测与治理、园艺科学与应用、动物生产与畜产品加工、动物健康与卫生、农业经济与管理、农业资源利用与环境保护）。有博士研究生指导教师708人，硕士研究生指导教师1038人，有国务院学位委员会学科评议组成员12人，全国专业学位教育指导委员会委员5人。2000年开始专业学位研究生培养，有兽医博士、兽医硕士、农业硕士、工程硕士等15种专业学位授予权。目前各类在校研究生11000多人，其中博士研究生3000多人、全日制学术型和专业学位硕士研究生6700多人、非全日制研究生2600多人。

国家级研究机构

作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家大豆改良中心

部级重点实验室、研究中心

教育部肉品加工与质量控制重点实验室、农业部南方作物生理生态重点开放实验室、农业部病虫监测与治理重点开放实验室、农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室、农业部动物生理生化重点开放实验室、农业部农畜产品加工与质量控制重点开放实验室、农业部农业环境微生物工程重点开放实验室、农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室、教育部资源节约型肥料工程研究中心、教育部杂交棉创制工程研究中心、教育部农作物特种遗传资源标准化整理、整合及共享平台、农业部小麦区域技术创新中心、农业部转基因大豆检测与监测中心（南方）、农业部动物疫病防治技术创新中心、农业部牛冷冻精液质量检测中心（南方）、农业部农药残留微生物降解研发基地

省级重点实验室、研究中心

江苏省信息农业高技术研究重点实验室、江苏省固体有机废弃物资源化高技术研究重点实验室、江苏省海洋生物学重点实验室、江苏省植物基因工程技术研究中心、江苏省肉品工程技术研究中心、江苏省新型兽药与饲料添加剂工程技术研究中心、江苏生物源农药工程中心、江苏省生态营养水产饲料工程研究中心、东部资源环境与持续发展研究中心、江苏省循环经济工程中心、江苏省有机肥料工程中心、江苏省农村发展与土地政策研究基地

其他信息

研究生院（含党委研究生工作部）有专职管理干部19人，下设四个副处级机构：院长办公室、招生办公室、培养处、学位办公室。

全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处、华东地区农科研究生教育研究会、农业院校研究生英语教学研究会等机构挂靠研究生院。

院长：郑小波教授，常务副院长：曲福田教授，副院长：董维春教授。