1、制作原料。十三香是用丁香、桂皮、花椒、八角等十三种传统的中草药植物，按照严格的比例制作而成，其味道非常的复杂多样。而孜然主要是用八角、桂皮等中草药香料，再加上一种新疆地区所特有的安息茴香制作而成，孜然的特殊味道也是主要由安息茴香在发挥作用，其他香料只是起到辅助作用，所以没有安息茴香的十三香是不能代替孜然的。十三香是不能代替孜然粉使用的，十三香是由十三种不同的中草药制作而成，味道复杂多样，但是不含孜然粉中所特有的安息茴香，所以在味道和口感上和孜然粉有很大的区别。十三香主要用在炒、炖、焖等烹饪方式中，而孜然粉主要用在烧烤和油炸食物中。

2、用途。十三香的主要用途在于炖、焖、煮等烹饪方式中，加入了十三香后能提升香味，去掉腥味，并且十三香本身就具有很好的医用价值，加入菜肴中能大大提升其营养价值。孜然粉更多的是当作烧烤、油炸类食物的调味料，在日常的烹炒中很少会用到。如果在烧烤中加入十三香，很难到达那种香麻酥口的味道。