14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相。

创作背景

1987年动画电影“王立宇宙军”虽然素质上佳，但票房却惨不忍睹，因此而成立的由DAICONFILM脱胎而成的GAINAX也陷入了债务危机，这也迫使原本准备拍完该片就解散的GAINAX为了还债不得不继续运营下去，GAINAX其后所制作的几部动画虽然质量也很优秀，但叫好不叫座，均无助于缓解GAINAX的赤字窘境，庵野本人也因理想与现实间的差距而焦躁与烦恼。而从执导电视版动画“不思议海之兰莉亚”（海底两万里）到NGE中间五年的时间，可以说是庵野的低潮期。庵野在生活中受到打击而决定卧薪尝胆，GAINAX也迫切需要一个作品扭转亏损的局势。

作为创始者，庵野最初只是想要借助NGE来表达那段低潮期的生活，对于此点他本人有过清晰的阐述∶“我在过去四年里浑浑噩噩，一事无成。eva可以说是那样的我的写照。那四年里我一直在逃避，觉得自己只是每天过完一天是一天。我不断地对着自己的内心说‘不能逃避’，而eva的创意可以说是因此而开始……是为了把自己的心情表现在屏幕上，而构思出来的作品……”庵野将自己曾经以逃避的态度来虚度的四年光阴的种种心态——或者说是他自己的精神问题，通过动画这一载体，展现到观众眼前以获得宣泄。而想要在屏幕上展现自己的内心这一创作动机，也决定了NGE将成为一部充满庵野个人色彩的作品。

EVA就像一幕幕的梦境堆叠呈现出一个少年的内心成长、受创、以及最後如何被补完的故事,所有的谜题、资讯不过只是过程之中出现的点缀,真正的本质是要观众理解「动画是虚幻的,还是滚回现实吧!」这个残酷的事实。

庵野秀明在搞本片时是采用live(现场演奏)即兴表演的方式,每个星期一集的EVA(尤其是後半的)是由白纸开始写脚本,在一周之内制作完成。这样所产生的作品,事前根本无法意料之後事态的发展,时间空间常常跳跃式的进行,现实与虚幻(例如真嗣和绫波的内宇宙世界)交互切换,正如人在睡眠时的梦境一般。

回到TV版剧情中，主角真嗣总是受到心理创伤的影响，不断地逃避、回归。真嗣小时候被源度寄养在别人家，因而与源度关系冷漠，又被叫到第三新东京市（第1话），因为讨厌战斗而逃走，又返回来作战（第4话），，被使徒吞入虚数空间后，又回来（第16话），离开差点杀了朋友的EVA，又坐上它战斗（第19话），被EVA吞噬后，又回来（第20话），特别是25和26话，一般人只能觉得那只是在单纯地倒退而已。真嗣不断在逃避与前进中徘徊，但最终没有得到真正的成长。

TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。

庵野实际上在TV版进行到第二十话就有结束的想法，因为庵野秀明认为“不能够按照想象的样子创作出来，还不如就在这里放弃”。表明他身上背负的压力与烦恼并没有因为eva的制作而释放，反而使得怨念积压。扼要的说，庵野在制作过程过于坚持自我意识的主导，边写边拍的剧本与短缺的经费，来自电视台和制作方的“老人们”的压力，对“庸俗”的观众“只想看半裸体的美女开着巨大的机器人冲向宇宙”的不满，家长们对动画中刺激性内容的投诉，eva狂热fans对制作组及其本人的威胁以及与其相关的社会背景，这一系列因素导致了TV版“突兀"的结尾。

但TV版结尾大段意识流描写、难懂的对白与情节的突变，也导致受众不满与对其的普遍批评。GAINAX和庵野秀明收到了不计其数的信和电子邮件，其中许多是对NGE最后两话的批评，其中甚至还有死亡恐吓信。庵野其后更在一次发布会上与fans发生激烈争吵。

第二年，即1997年，GAINAX开始了一个制作真正NGE结局的计划。由于时间上很紧张，他们就先推出了死与新生，接着便推出了宣告了旧世纪动画完结的EOE。

制作EOE时庵野对NGE以及观众的怨念也达到了最高峰，在濒临失控边缘的情况下〔97年EOE刚公映时，庵野本人曾有过明确的自杀冲动〕，庵野也只能通过EOE来宣泄自己由于NGE而积压得无处可去的负面情绪。

EOE其实也正是要让观众们〔或许也包括庵野自己〕能够明白，在面对幸福的梦和残酷的现实时，不要被虚假而幸福的梦境所惑，而是应正视现实的残酷和痛苦，并超越这份痛苦，最终勇敢地接受、承认并适应现实。

排除当年庵野自身的情绪作用给旧世纪末期作品基调上带来的负面影响，单就表现创作思想这一点，EOE已近乎完美地将创作者的意志呈现了出来——这已经不再是几个孩子之间简单的“喜欢与讨厌”的问题，它真正反映的社会现实——以及蕴藏于社会现实中的问题——“沉浸于自身梦幻之中，逃避现实”这一问题——针对这些，创作者对此的态度和思想藉由作品的结局体现得十分清晰。但正由于创作者的心情通过角色们体现了出来，EOE里无论是丽还是明日香的境遇都很惨，刺激性的镜头也非常多，直接导致EOE在日本播放以后eva一下子冷了下去，同时EOE在社会上也引起了广泛争议。如果说NGE前期动画故事性比较强，那么后期则转变成具有比较强的社会性的作品了。从这个角度来看，eva尽管风靡东亚甚至欧美，但是本质上还是一部日本人做出来的，有其特定社会背景和针对人群的动画。