大使馆代表整个国家的利益，全面负责两国关系，馆长是大使，由国家元首任命并作为国家元首的代表履行职责。大使馆的首要职责是代表派遣国，促进两国的政治关系，其次是促进经济、文化、教育、科技、军事等方面的关系，使馆同时具有领事职能。

职能部门

公使：刘少宾 、郭燕

政治处

公使衔参赞：薛剑

参赞：张社平、田培良、沈建国

国际及地区处

公使衔参赞：荣鹰

参赞：李杰

新闻和公共外交处

公使衔参赞兼使馆发言人：何振良

文化处

参赞：陈诤

科技处

公使衔参赞：阮湘平

交流处

参赞：汪婉

经参处

公使衔参赞：明晓东

领事部

参赞兼总领事：王军

参赞：陈三虎 （警务）、张魏巍

商务处

公使：刘亚军

教育处

公使衔参赞：胡志平

武官处

国防·海军兼空军武官：徐斌

陆军武官：凌正功

办公室

参赞：潘昊。

领事服务

中华人民共和国驻日本国大使馆领事服务：护照签证业务、公证及认证业务等。

领事部的主要工作职能是：保护中国公民的正当权益；促进侨团和侨胞团结、合作、发展；办理中国公民护照、公证，办理中国公民和外国人认证；办理外国人赴华签证。

领事部下设四个组：

领事侨务组：主要负责领事保护和侨团、侨民、华人事务；

证件组：主要负责各类证明；

护照签证组：主要负责本国公民护照更换、补发、延期和颁发旅行证，并办理外国人和外籍华人的赴华签证。

警务组：负责与日本有关部门的工作联系，打击犯罪。

总领事馆

驻大阪总领馆 总领事 刘毅仁

证件及签证等业务地区：大阪府、京都府、兵库县、奈良县、和歌山县、滋贺县、爱媛县、高知县、德岛县、香川县、广岛县、岛根县、冈山县、鸟取县

地址：〒550-0004 大阪府大阪市西区靱本町地区3-9-2

驻福冈总领馆 总领事 李天然

证件及签证等业务地区：福冈县、山口县、佐贺县、大分县、熊本县、鹿儿岛县、宫崎县、冲绳县

地址：〒810-0065 福冈县福冈市中央区地行浜1-3-3

驻札幌总领馆 总领事滕安军

证件及签证等业务地区：北海道、青森县、秋田县、岩手县

地址：〒064-0913 北海道札幌市中央区南13条西23-5-1

驻长崎总领馆 总领事 李文亮

证件及签证等业务地区：长崎县

地址：〒852-8114 长崎县长崎市桥口町10-35

驻名古屋总领馆 总领事葛广彪

证件及签证等业务地区：爱知县、岐阜县、福井县、富山县、石川县、三重县

地址：〒461－0005爱知县名古屋市东区东樱2－8－37

驻新泻总领馆 总领事 何平

证件及签证等业务地区：新泻县、福岛县、山形县、宫城县

地址：新泻县新泻市中央区西大畑町5220-18

历任大使

陈楚　 （1973.04—1976.12）

符浩　 （1977.08—1982.02）

宋之光　 （1982.03—1985.08）

章曙　 （1985.09—1988.06）

杨振亚　 （1988.01—1993.03）

徐敦信 　（1992.12—1998.06）

陈健　 （1998.04—2001.07）

武大伟　 （2001.07—2004.08）

王毅 　（2004.09—2007.09）

崔天凯 　（2007.09—2010.01）

程永华　 （2010.02－　 ）

公共交通

可乘坐地铁“营团日比谷线”，在六本木站下车，沿“朝日电视通”往南步行约10分钟即到。