该作在系列中首次以多篇章形式播放，连接第一期（第1话至第30话）后共有「邪恶的死亡指挥官与七个王国」及「穿越时空的少年猎人们」两个篇章。由于播放初期持续因特备节目而停播，令第一期的30话足足花了八个月才播放完毕。有鉴于此，朝日电视台於2011年4月3日开始将本作的播放时间由逢星期二晚上7时27分，改往逢星期日清晨6时30分播出。

故事大纲

普通篇

第01话至第30话

一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，而成为了指挥官，与朋友们一起来到了数码世界中，在那里认识了众多的数码兽同伴。然而他们将要担负起拯救数码世界的重任。为了防止企图称霸数码世界的巴古拉军而努力的收集著各个领域的水晶，令他们意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着…

邪恶的死亡指挥官与七个王国

第31话至第54话

经过了第30话中的东京大决战后，数码世界已经落入了巴古拉军手中。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界。但是，数码世界已经相比之前的旅程过了几个月，数码世界亦变成了巴古拉军支配下的地狱世界。数码世界被巴古拉军分裂为七个国家（Land），并由七名可怕的巴古拉军将军所统治，而这七名巴古拉军将军就是本新篇章的主要敌人。此外，本篇章亦出现全新力量「超进化」。

穿越时空的少年猎人们

第55话至第79话

与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟—天野悠。「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬著大器学长的成员—明石激。一天，明石激被卷入了街上所发生的异变之中，工藤大器、明石激和天野悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！

关联作品

在《数码宝贝》冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了高石武和八神光外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码宝贝伙伴。某日，一位自称暴龙改造者的少年突然出现攻击数码宝贝，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码宝贝们，妄图占领数码宝贝世界。

在他的处处逼迫之下，数码宝贝迫于无奈展开战斗。新一代被选中的孩子们共3个，他们分别是本宫大辅、井上京和火田伊织，另外还有高石武和八神光继续参战。他们每个人都获得一台新的神圣计划——“D-3数码暴龙机”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”，只要使用数码装甲就可以让他们的数码宝贝即使在黑暗力量的控制下，也可以完成进化…..