1、使用化学方法，将沉木使用高锰酸钾浸泡除霉，不过使用化学药品还是对水质产生不利影响，因为高锰酸钾也会伤害水中已有的硝化系统。

2、沉木发霉可以采取生物法去除，可以放入金苔鼠等鱼类，因为金苔鼠等喜欢啄食沉木上的这些白毛状或白泡状发霉物。

3、可以考虑把沉木取出放进沸水中消毒，不过过一段时间仍有可能重新长出白毛。