1、品种不同

橘子：属于基本种，花小、果皮比较容易剥开、种子的胚多，并且是深绿色的。

柑子：柑子其实是桔与甜橙等其它柑桔的杂交品种，花大，果实剥皮没有橘子好剥，种子的胚一般为为淡绿色。

2、科属不同

橘子：属于芸香科植物福桔，或者朱桔等多种桔类的成熟果实。种类很多，有八布桔、金钱桔、甜桔、酸桔、宫川、新津桔、尾张桔、温州桔、四川桔等品种。

柑子：属于芸香科柑橘亚科，是热带、亚热带常绿果树，也叫柑橘。