1、概念的不同，纯净水又叫纯水或者净水，指的是不含杂质或细菌的水；而蒸馏水指的是经过蒸馏、冷凝操作的水。
2、制得方法的不同，纯净水可以通过电渗析器法、离子交换器法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得；而蒸馏水是通过蒸馏法以及配合一定的措施制得。
3、成分上的不同，纯净水中不含无机盐等等，而蒸馏水中会含有部分无机盐和有机物。
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